醫院污水來源和成分復雜，危害嚴重。源流主要來自醫院診室、化驗室、病區、洗衣房、X片照相室和手術室的污水排放。廢水中含有大量病原菌、病毒和化學物質，具有空間污染、急性傳播和潛伏性傳播等特點。如醫院污水中含有病原微生物，未經消毒處理排放到城市下水道管道或環境水體中，往往會造成水體污染，引發各種疾病和傳染病，嚴重危害人民健康。
由于醫院污水的特性，其無害化處理問題十分嚴峻：一些高傳染性疾病向社會傳播，對現有醫院污水處理工藝技術水平和設施，將是一個嚴峻的考驗。在全球流行的呼吸系統傳染病，對醫院污水的無害化處理技術和設施，提出了更高的要求。
目前，我國醫院污水處理急需解決的關鍵問題。
1.污染物處理效率普遍較低。
醫院污水的來源和組成復雜是醫院污水水質的主要特點之一，其中含有大量的病原菌和化學物質，具有空間污染、急性傳染病和潛伏性傳染病等特點。傳統的醫院污水處理設施在處理過程中，受工藝技術的限制，主要是活性污泥微生物種類和數量較少，系統內物理、化學、生化反應過程不完整，且部分病原微生物易隨出水排出，擴散等，使傳統污水處理工藝對醫院污水、主要有機、無機污染物，以及病原微生物處理效果差。對于有醫院污水需要處理的單位，也可以到污水寶項目服務平臺咨詢具有類似處理經驗的企業。
2.空氣受到嚴重污染。
因醫院污水水質特殊，常規好氧生物處理系統沒有采取封閉措施，曝氣供氧過程中產生的氣泡擴散，形成大量氣溶膠分子。這種氣溶膠分子表面粘附著病原微生物，將其擴散到空氣中，為傳染病的傳播開辟了另一條途徑。尤其對類似“SARS”這樣的高度呼吸道急性傳染病的有效控制傳播，決不能掉以輕心。
3.不能有效地消毒出水。
嚴格控制病原微生物隨醫院污水排入排水管，是醫院污水處理的關鍵。當前醫院污水處理廠在實際運行中還存在一些問題：目前常用的消毒氯法毒副作用大，臭氧、二氧化氯等毒副作用較小的消毒劑因成本高，經常因操作不正常而限制了有效使用。
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